Początki studiów wyższych w zakresie wychowania muzycznego w Olsztynie sięgają roku 1968, kiedy z inicjatywy prof. Stefana Śledzińskiego, w Wyższej Szkole Nauczycielskiej zaczęto kształcić studentów na kierunku Nauczanie początkowe z wychowaniem muzycznym. Niedługo potem (1970) powstała Pracownia Wychowania Muzycznego, a od roku 1974, już w strukturze Wyższej Szkoły Pedagogicznej, Zakład Wychowania Muzycznego prowadził jednolite studia magisterskie. Przez lata był to jedyny w regionie kierunek studiów o profilu muzycznym. Mimo niewielkiej obsady, Zakład, ulokowany w budynku przy placu Jedności Słowiańskiej wywierał znaczący wpływ na życie muzyczne Olsztyna, a absolwenci kierunku obsadzili stanowiska nauczycieli muzyki w wielu szkołach Warmii i Mazur.

Część kadry Zakładu Wychowania Muzycznego stanowili artyści związani z Orkiestrą Filharmonii Olsztyńskiej (dyrygenci, instrumentaliści) oraz naukowcy, zasłużeni dla badania kultury muzycznej regionu Warmii i Mazur. Działalność artystyczna chórmistrzów związanych z Zakładem, zaowocowała powstaniem w Olsztynie zespołów chóralnych, które przez dziesięciolecia zajmowały czołową pozycję w Polsce i odnosiły znaczące sukcesy na krajowych oraz międzynarodowych konkursach i festiwalach. Dzięki nim Olsztyn stał się jednym z najważniejszych ośrodków muzyki chóralnej w Polsce. Przez wiele lat studenci Wychowania Muzycznego nadawali ton olsztyńskiej kulturze studenckiej, bowiem kierunek ten wybierali uzdolnieni młodzi muzycy, którzy z powodów formalnych nie mogli podjąć studiów na Akademiach Muzycznych. Pojawiały się tu również barwne postaci cyganerii olsztyńskiej, które zyskując rozgłos w studenckim ruchu artystycznym, kontynuowały później karierę jako profesjonalni artyści (m. in. Ryszard Rynkowski, Stefan Brzozowski z zespołem Niebo, Basia Raduszkiewicz, Norbi, a ostatnio - zespół ENEJ).

Dzięki uzyskaniu przez wykładowców kolejnych stopni naukowych, Zakład Wychowania Muzycznego uzyskał status Katedry, a w roku 1993 - Instytutu Muzyki. W roku 1999 znalazł się on w strukturze Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie, powołanego wówczas uchwałą Sejmu; w roku 2007 zyskał nową siedzibę przy ul. Szrajbera, by wejść w skład Wydziału Sztuki utworzonego w 2009 roku wspólnie z Instytutem Sztuk Pięknych. Obecnie Instytut Muzyki prowadzi kształcenie na studiach stacjonarnych na kierunkach Edukacja artystyczna w zakresie sztuki muzycznej oraz Produkcja muzyczna i realizacja dźwięku. Posiada uprawnienia do nadawania stopnia doktora i doktora habilitowanego.